Ямиль Мустафин родился 20 мая 1927 года в деревне Новоусманово Уфимского кантона БАССР, ныне Чишминского района Республики Башкортостан. Его отец – духовник-просветитель Мустафа-хазрет – был популярной личностью в те времена. Известно, что дед Ямиля – Гулям-бабай был награжден Большой золотой медалью за службу Российской империи.

В 1932 году семья попала под жернова раскулачивания и была сослана в Сибирь. По дороге отец заболел тифом, семью высадили в Тайшете, где Мустафа-хазрет умирает. С тех пор Ямиль Мустафьевич считает Тайшет своей второй родиной. Детство его прошло в прекрасном таежном краю на берегах реки Бирюсы. В полном списке жертв репрессий, изданном обществом «Мемориал», можно найти имя пятилетнего Ямиля Мустафина, раскулаченного и приговоренного к ссылке в город Тайшет. Только в 1950 году его снимают со специального учета.

С 14 лет Ямиль работает в железнодорожных мастерских слесарем, токарем и помощником кузнеца. Экзамены за 8-10 классы сдает экстерном, поскольку вечерней школы в Тайшете не было. Затем он приезжает в Москву и поступает в институт инженеров транспорта им. Сталина. Позже переводится в Ленинградский военный институт физической культуры и спорта, военно-морской факультет которого окончил в 1950 году. До 1954 года служил на военно-морском флоте в Порт-Артуре.

Окончил Литературный институт им. А.М.Горького. С 1961 года работает ответственным секретарем журнала «Юный техник», с 1965 года – сотрудником издательства «Советская Россия». Затем он трудится литературным консультантом Союза писателей РСФСР, старшим редактором издательства «Советский писатель», секретарем правления Союза писателей РСФСР.

Еще в годы военной службы Ямиль Мустафьевич начинает писать рассказы на русском языке. Первая его книга под названием «Подвиг» увидела свет в 1969 году. Последующие сборники рассказов «Голубая лошадь», «Чувства добрые», «Сибирское чудо», вышедшие в издательствах «Молодая гвардия» и «Советская Россия», посвящены воспоминаниям автора о своем детстве и юности. В его рассказах запоминающимися красками воспроизводится сложная атмосфера периода культа личности Сталина, прослеживается формирование характера подростка в тесном соприкосновении с людьми трагической судьбы.

В эпически масштабных произведениях Ямиля Мустафина – повести «Мост» и романе «Дорога» раскрывается самоотверженный труд строителей Байкало-Амурской магистрали. Писатель изображает яркие характеры людей разных национальностей, возраста и менталитета, объединенных одной общей целью. Образ башкирской женщины Шамшуры из романа «Дорога» находит свое логическое продолжение в повести «Суровое детство». В ней прослеживаются трагические судьбы людей, сосланных в Сибирь, показана их духовная стойкость и удивительная человечность, воля к жизни в условиях репрессий и войны.

С 1971 года Ямиль Мустафин член Союза писателей СССР. Он автор более двух десятков книг, сотен очерков и статей, переведенных на многие европейские и азиатские языки и языки народов СССР. Он проявил себя и как талантливый переводчик, блестяще перевел на русский язык роман Вазиха Исхакова «Сабли обнаженные» и произведения Азата Абдуллина.

Он лауреат премий ВЦСПС и Союза писателей СССР за повесть «Суровое детство». Ему присуждались премии ЦК ВЛКСМ и Госкомиздата СССР, имени М.Н.Алексеева и Ст. Злобина. Ямиль Мустафин награжден орденом «Знак Почета» и китайским орденом «Дружба». В 1991 году ему было присвоено высокое звание «Заслуженный работник культуры Республики Башкортостан». Почетный гражданин города Тайшета.

Ямиль Мустафин являлся членом высшего творческого совета Союза писателей России и президиума Литфонда Союза писателей, входил в общественный духовный совет ДУМ страны. Известен своей активной позицией в вопросе единства мусульман России. За вклад в укрепление дружбы народов был награжден Патриархом Всея Руси Алексием II орденом Князя благоверного Даниила Московского.

Писатель имеет свой взгляд на историю России. Вот что он говорит: «…Я не считаю себя обиженным. Тем более русским народом. У нас была общая судьба – в ссылке и ГУЛАГе томились миллионы русских людей, русский народ пострадал больше, чем кто либо. Я с детства был окружен русскими людьми, у нас были общее горе и единая радость, одна война на всех. Я много ездил по стране и с горечью вынужден сказать, никто сегодня так плохо не живет, как русский народ… Но я верю в возрождение русского народа, в возрождение великой России! Не дать развалить Россию, как в свое время развалили СССР – вот что мы должны делать. А для этого надо крепить историческое братство наших народов, наших культур, наших литератур!».

Ныне писатель проживает в Хорошёвском районе Северного административного округа Москвы. Продолжает писать. Поддерживает связи с Башкортостаном.