Родился 5 августа 1948 года в посёлке Краскино Приморского края.

В 1959 году поступил в Дальневосточное суворовское училище. С 1969 года служил в Пскове в бригаде специального назначения, с 1981 года — в разведуправлении Ленинградского военного округа. Проходил службу в Группе советских войск в Германии (ГСВГ) и Забайкальском военном округе. Участвовал в военных конфликтах в Афганистане (1983), Азербайджане (1990), Таджикистане (1992). В 1986—1989 годах занимал должность начальника штаба бригады в ГСВГ, с 1989 года — командующий бригадой в Туркестанском военном округе.

С 1994 года служил в Главном разведуправлении. С 1999 года — научный сотрудник Центра военно-стратегических исследований Генерального штаба. Участвовал в рабочей группе министерств обороны Белоруссии и России по унификации законодательства в области обороны.

С марта 2005 года пребывал в следственном изоляторе «Матросская тишина» в связи с обвинением в покушении на Чубайса. В 2005 году баллотировался в депутаты Государственной Думы по 199-му «Преображенскому» избирательному округу Москвы, но выборы проиграл, заняв второе место. Находясь в тюрьме, назвал российского президента Владимира Путина гауляйтером. В июне 2006 года Квачков отметил, что не считает уничтожение Чубайса преступлением: «Чубайс — государственный преступник, энергетический гауляйтер, враг русской нации, и замысел на его ликвидацию является составной частью военной партизанской операции и не может считаться преступным».

5 июня 2008 года коллегия присяжных заседателей Мособлсуда вынесла оправдательный приговор. Вина подсудимых не доказана. Все подсудимые — полковник ГРУ в отставке Владимир Квачков и военнослужащие ВДВ в отставке Александр Найдёнов и Роберт Яшин — оправданы.6 июня 2008 года Мосгорсуд продлил срок ареста Ивана Миронова, на которого было заведено отдельное уголовное дело по данному покушению, ещё на 3 месяца, а 27 августа — продлил срок до 11 ноября.

6 июня 2008 года Квачков дал интервью радио «Эхо Москвы», в котором назвал Чубайса «национальным изменником и предателем». Он также заявил, что Россия «оккупирована еврейской мафией, которая является матрицей для остальных преступных группировок». Общественная палата России направила запрос генеральному прокурору с просьбой проверить высказывания Квачкова, усмотрев в них признаки экстремизма.

Как общественный деятель Квачков относит себя к националистам